Abgerechnet wird in der Regel nach Zeitaufwand. Diese Kostenstruktur dient dem Mediationsverfahren, weil es die Parteien selbst in der Hand haben, die Kosten möglichst gering zu halten.

Ist ein Mediator Anwalt, ist er angehalten, eine Gebühr zu vereinbaren (§ 34 RVG). Der Gebührensatz liegt bei Anwälten meist zwischen € 100,-- und € 300,-- pro Stunde, bei Wirtschaftskonflikten auch darüber hinaus.

Freiberufliche Mediatoren aus dem psychosozialen Bereich berechnen in der Regel etwa so viel wie eine private Therapiestunde kostet, also bis € 120,--.

Ist eine Einigung gefunden, die Willensbildung damit im wesentlichen abgeschlossen, und erhält der Anwaltsmediator den gesonderten Auftrag, an der Formulierung, auch in Zusammenarbeit mit einem Notar, mitzuwirken, wird häufig eine Einigungsgebühr vereinbart. Bei Beratungsstellen ist die Mediation meist kostenlos; es werden aber Spenden erwartet.

Vor Beginn der Mediation oder dem Auftrag zur Vertragsformulierung gibt der Mediator jeweils seine entstehenden Gebühren bekannt, sodass die Konfliktpartner entscheiden können, ob sie den Auftrag erteilen wollen. Die Kosten einer Mediation sind deshalb meist geringer, weil es günstiger ist, gezielt auf Verständigung hinzuarbeiten als zu streiten.